Išmatų pH paprastai yra neutralus arba šiek tiek šarminis (6,8 - 7,5). Rūgštesnės išmatos, fiziologinės tik naujagimiui, gali rodyti žarnyno infekcijas (Escherichia coli, Rotavirus) arba virškinimo sutrikimus, tokius kaip laktozės ar riebalų netoleravimas (steatorėja dėl kasos nepakankamumo ar tulžies stazės).
Išmatų pH įtakoja tiriamojo mitybos įpročiai; pavyzdžiui, dėl dietos, kurioje gausu mėsos ir pieno produktų, išmatos tampa šarmingesnės. Puvimo žarnyno bakterinė flora iš tikrųjų sunaikina aminorūgštis, kurios nepateko iš absorbcijos, sukurdamos toksiškus ir nemalonaus kvapo aminus; todėl išmatų pH linkęs didėti dėl padidėjusios amoniako gamybos. Todėl neatsitiktinai išmatų pH, kuris yra per šarminis, kartu su trumpųjų grandinių riebalų rūgščių sumažėjimu (žr. Butiratas), yra susijęs su padidėjusia kolorektalinio vėžio rizika.
Jei išmatų pH linkęs didėti esant puvimo disbiozei, jis linkęs mažėti esant fermentacinei disbiozei, kurios priežastys yra per didelis angliavandenių suvartojimas arba blogas jų įsisavinimas ( celiakija). Net ir „gausiai suvartojant lipidus, vegetariškai maitinantis ir ilgai nevalgius, išmatų pH tampa rūgštus.
Kad nebūtų iškraipyti tyrimo rezultatai, išmatos neturi būti užterštos šlapimu ir turi būti greitai atšaldytos, kad šlapime esantis amoniakas ir puvimo bakterijos neparodytų išmatų pH šarminio.