Patogenezė tiria ligos vystymąsi ir su ja susijusių įvykių grandinę, kuri žingsnis po žingsnio nustato paveiktų organų ląstelių ir audinių morfofunkcinius pokyčius. Šiuos pokyčius gali sukelti cheminiai, fiziniai ar biologiniai veiksniai (virusai, bakterijos ir kt.).
Nors etiologija apibrėžia priežastis, patogenezė tiria pasekmes.
Todėl skaitydami medicinos tekstus galime susidurti su tokiomis sąvokomis kaip: mikrobų patogenezė, uždegiminė patogenezė, virusinė patogenezė, piktybinė patogenezė (ligos, dažniausiai naviko, tendencija palaipsniui blogėti, kol ji tampa mirtina). Daugelis ligų atpažįsta skirtingus priežastinius veiksnius (daugiafaktorinę etiologiją), o dar daugiau yra tų, kuriems būdingi skirtingi evoliuciniai mechanizmai (daugialypė patogenezė).
